La Iglesia de Sant Francesc fue fundada en el siglo XIII, destruida por el asalto turco de 1558, y restaurada y reformada en diversos momentos.

Situada entre el gótico tardío y el neoclásico, la iglesia parroquial de Sant Francesc, antigua iglesia del convento franciscano, es la más espaciosa de la ciudad de Ciutadella, después de la Catedral de Menorca. 

En 1287, Alfonso III concedió a los frailes franciscanos el huerto del almojarife y algunas de las casas contiguas para construir un convento, una iglesia y un cementerio. Sin embargo, con la invasión turca de 1558 la mayoría de edificios y dependencias del convento quedaron totalmente destruidos. 

La iglesia se reconstruyó en dos fases. Primeramente se edificó un templo de cuatro tramos de bóveda y once años después, otro de seis. Finalmente, en 1626 se construyó el claustro, hoy en día casi totalmente desaparecido.